• تعیین مالیات بر اساس اظهارنامه مالیاتی

شرکت و اتحادیه تعاونی دارای شخصیت حقوقی بوده ، شخص حقوقی محسوب می شوند ؛تغییر ادرس شرکت  بنابراین شرکت ها و اتحادیه های تعاونی ، مانند سایر اشخاص حقوقی مکلف اند اظهارنامه و ترازنامه و حساب سود و زیان سال مالی متکی به دفاتر قانونی خود را حداکثر تا آخر تیر ماه هر سال ، به حوزه مالیاتی مربوط تسلیم کنند و مالیات تعلق گرفته را پرداخت کنند.
در صورتی که ممیز مالیاتی ، اظهارنامه ، ترازنامه و حساب سود و زیان شرکت یا اتحادیه تعاونی را بپذیرد، مندرجات مدارک مذکور با هزینه های قابل قبول و استهلاکات تطبیق داده می شود و درآمد مشمول مالیات آن تعیین می گردد.
هزینه های قابل قبول برای تشخیص درآمد مشمول مالیات ، عبارت است از هزینه هایی که در حدود متعارف متکی به مدارک بوده ، منحصراَ صرف تحصیل درآمد شرکت یا اتحادیه تعاونی در همان سال مالی با رعایت حد نصاب های مقرر ، شده باشد.
استهلاک به موجب جدولی تعیین می شود که وزارت امور اقتصادی و دارایی آن را بر اساس ضوابط تهیه می کند و پس از تصویب هیئت وزیران به اجرا می گذارد.

• تعیین مالیات از طریق تشخیص علی الراس

در موارد ذیل ، درآمد مشمول مالیات شرکت یا اتحادیه تعاونی ، از طریق علی الراس مشخص می شود :

- در صورتی که تا موعد مقرر ، ترازنامه و حساب سود و زیان تسلیم نشده باشد ؛
- در صورتی که تعاونی با وجود درخواست کتبی مامور تشخیص مربوط ، از ارائه دفاتر یا مدارک حساب امتناع کند ؛
- در صورتی که دفاتر و اسناد و مدارک ابراز شده برای محاسبه درآمد مشمول مالیات تعاونی ، به نظر ممیز و تایید سز ممیز ، غیر قابل رسیدگی تشخیص داده شود.
در تشخیص علی الراس ، مامور تشخیص باید ابتدا قرینه یا قراین مذکور در قانون مالیات های مستقیم را که متناسب با وضعیت و موضوع فعالیت تعاونی باشد ، انتخاب کند و سپس با اعمال ضریب یا ضرایب مقرر در قرینه یا قراین انتخابی ، درآمد مشمول مالیات تعاونی را مشخص و سپس مالیات آن را تعیین کند. قراین مالیاتی عبارت است از عواملی که در هر رشته از مشاغل با توجه به موقعیت آن شغل ، برای تشخیص درآمد مشمول مالیات به طور علی الراس ، به کار می رود ؛ از قبیل خرید سالانه ، فروش سالانه ، درآمد ناخالص ، میزان تولید و غیره . ضرایب مالیاتی عبارت است از ارقام مشخصه ای که حاصل ضرب آن ها در قرینه مالیاتی در موارد تشخیص علی الراس، درآمد مشمول مالیات تلقی می شود. جدول ضرایب مالیاتی را هر سال کمیسیونی خاص تعیین می کند و وزارت امور اقتصادی و دارایی آن را اعلام می کند.

• مسئولیت تضامنی مدیران تعاونی

مدیران شرکت یا اتحادیه تعاونی ، مجتمعاَ یا منفرداَ در پرداخت مالیات بر درآمد تعاونی و همچنین مالیات هایی که تعاونی در دوران مدیریت آن ها به موجب قانون مالیات های مستقیم ، مکلف به کسر و پرداخت آن باشد ، با تعاونی مسئولیت تضامنی دارند.

آخرین مدیران شرکت یا اتحادیه تعاونی ، موظف اند قبل از انحلال آن ، اظهارنامه ای حاوی صورت دارایی و بدهی تعاونی را تنظیم و به حوزه مالیاتی مربوط تسلیم کنند. در صورت عدم تسلیم اظهارنامه مذکور یا تسلیم اظهارنامه خلاف واقع ، این افراد متضامناَ مسئول پرداخت مالیات و جرایم متعلق به شرکت یا اتحادیه تعاونی خواهند بود.